在毕达哥拉斯之后，另一位希腊哲学家赫拉克利特(公元前540年到公元前470年)则把世界的本源归之于一团永恒的火，他认为这个有秩序的宇宙既不是神也不是人所创造的，它的过去、现在和将来永远是一团永恒的活火，按一定尺度燃烧，一定尺度熄灭，他还进一步认为在世界万物之中存在着普遍规律，对此他称之为“逻各斯”。当然，以今天的眼光来看，这些希腊的先哲们对于世界本源的看法并不科学，但是提出这些问题的重要性已经远远超过了他们所寻求的答案。从认识论上看，这是人们开始从现实世界的千差万别的事物中寻求其内在共同性的一次努力，这些哲人们出于对宇宙的好奇，力图用自然的原因去解释宇宙的生成和物质的本源，并试图通过理性的阐述来进行逻辑证明，以确定他们关于在宇宙中某些普遍规律和必然性之间存在着内在联系的认识，这就有力地标志着他们已开始摆脱先前宗教思想的束缚，而代之以理性思维作为求知和探索各类问题的武器，在此之后，理性这把求知和探索的思维利器就被广泛运用于社会生活的各个领域，逐步渗透进希腊人的生活、行为之中，渗透进希腊人的国家管理、政治、法律、伦理、雄辩术、艺术、文学、历史甚至希腊公民的权利、责任之中，在希腊人中培育起了一种“自由思想”的风气。

随着自由思想风气的形成，希腊人认识到思考是人的特权，思想则是一种能现之于世的理性思考的成果，人们可以对任何问题进行自由思考，并把自己的思考表达出来，他们在发挥自己的理性的同时，也就是行使着自己的公民权，正是在这一意义上，后世把希腊人崇尚的理性思想看成是其对西方文明最伟大的贡献之一，这是十分有道理的。